本宿の集落付近には古代東海道が通り宿駅が置かれたとされる。
そのことから元の宿”元宿”と呼ばれ、それが地名になったと伝えられる。中世には法蔵寺の門前町が形成され、江戸時代に赤坂宿と藤川宿の間の”間の宿”(*)に発展した。町の中心部にある法蔵寺は松平家の菩提寺で、徳川家康が幼少期に学問に励んだという言い伝えが残る。
そのため、参勤交代の大名・旗本は下馬して参拝する習わしだった。江戸中期、本宿に旗本柴田氏(織田信長家臣・柴田勝家の子孫)が入り陣屋を置いた。柴田氏に仕えた旧代官屋敷が残る。
*【あいのしゅく】正規の宿場と宿場の間に設けらた休憩用の宿。本陣や旅籠はなく宿泊はできなかった。